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浮遊性カイアシ類は、大部分は珪藻(図7)、鞭毛藻類などの微小藻類や繊毛虫等の微小動物を食べています。藻類のサイズが適当であればほとんど何でも摂取しますが、実は、嗜好性があり、有毒な植物を食べたりすると嘔吐することもあります。また、完全な肉食者も存在し、魚の稚魚や大型動物プランクトンを摂餌します。深海では、餌が極端に少なくなるため、デトリタス(デトライタス)と呼ばれる上層から落下してくる生物の排泄物、死体、脱皮殻、分泌物などを摂取しています。

　

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図7. 珪藻(原図)

一方、寄生性カイアシ類は、生きていくための栄養分を宿主に依存しています。魚類寄生性カイアシ類のほとんどが外部寄生虫で、それぞれ寄生する部位(図8)によって食べているものが違っています。体表及び鰭では宿主の組織(肉)や体表から分泌される粘液を、口腔内(口の中)・鰓蓋・鼻孔内(鼻の穴)では粘液を、鰓弁と鰓弓(エラ)では粘液や血液を摂食していると考えられています。また、宿主の体表からカイアシ類の頭部を侵入させて内臓に至るものは血液や体液を利用しています。一部のものでは腹腔内(おなかの中)や分泌腺に寄生する内部寄生虫も存在します。

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図8. 寄生性カイアシ類の寄生部位